Veja diferentes versões de Chrono Trigger, do Super Nintendo ao DS

A versão para o portátil da Nintendo marcou a primeira vez que a Square Enix mexeu diretamente no conteúdo do game. Alguns diálogos foram alterados para melhor entendimento, a tradução foi revisada para ficar mais próxima ao original, há minigames extras, novos dungeons e até mesmo um novo chefe que leva a um final extra. Para melhorar, ela contém ainda as animações do PlayStation One, porém sem os loadings, o que a faz ser considerada a melhor versão do jogo até hoje.